醫院產生的污水和其他生活用水不一樣，攜帶各類細菌，所以針對醫院污水處理工藝設計上必須去除CODcr、BOD5等有機污染物，且采用具有過濾功能的高效好氧處理工藝，比如膜生物反應器、曝氣生物濾池等工藝等，這樣可以降低懸浮物濃度，有利于后續消毒。
醫院污水處理工藝設計工藝選擇原則為：
1、傳染病醫院必須采用二級處理，并需進行預消毒處理。
2、處理出水排入自然水體的縣及縣以上醫院必須采用二級處理。
3、處理出水排入城市下水道（下游設有二級污水處理廠）的綜合醫院推薦采用二級處理，對采用一級處理工藝的必須加強處理效果。
我們需要根據醫院的規模、性質、污水排放去處來進行選擇，醫院一般分為傳染醫院和綜合醫院，揚州藍天醫院屬于綜合醫院，則采用二級處理，如果是經濟不發達地區的小型綜合醫院，則可以選用簡易化處理作為過渡處理措施，之后再逐步實現二級處理等。